海事學院
海事資訊科技系/碩士班
輪機工程系/碩士班
航運技術系/碩士班

水圈學院
漁業生產與管理系/碩士班
水產食品科學系/碩士班
水產養殖系/碩士班
海洋生物技術系/碩士班
水產科技產業博士班

海洋工程學院
電訊工程系/碩士班
海洋環境工程系/碩士班
微電子工程系/碩士班
造船及海洋工程系/碩士班
海洋科技產學合作博士班

管理學院
航運管理系/碩士班/博士班
供應鏈管理系/碩士班
海洋休閒管理系/碩士班
資訊管理系/碩士班
海洋事務與產業管理研究所