本校創設於民國35年8月，原屬基隆水產職業學校之高雄分校，校長由基水周校長監殷兼任，並撥日產「高雄造船株式會社造船廠」為實習造船工廠。招收高級部漁撈、製造、養殖三科新生各一班，同年11月，假高雄市旗津國民學校一部分教室開學上課，此為本校正式成立之始。

　　37年10月，本校奉命獨立，校長由周監殷先生專任。38年6月，省政府改派戴行悌先生為校長。39年1月接管高雄市營漁具製造廠，並承贈讓漁船，作為學生實習之用。40年春，省撥專款擴建校舍，先後落成辦公室、教室、運動場、製冰、製罐實習工廠。同年秋增添漁撈科一班。42年6月，基水校長士福金先生調長本校。44年春，為配合政府疏散政策，全校疏遷五塊厝漁具工廠上課。47年7月，省政府改派李兆煇先生接長本校，惜視事未匝月，即因公積勞病逝，由楊憲棠先生接事，並於八月間遷返旗津原址上課，先後增建教室6間、製冰實習工廠、製罐及乾燥實習工廠、輪機實習工廠、化學實驗室及倉庫、廁所等房屋多間外，並將前海軍造船廠借用本校之校舍11間全部收回。48年2月間，撥專款新台幣100萬元，建造130噸級遠洋鮪釣實習船1艘，專供學實習之需。

　　本校初級部學生，已於48年暑假以前全部畢業奉令不再續招新生，並於同年12月將校銜改稱為：「台灣省立高雄高級水產職業學校」。49年8月成立台南分部，50年1月增建辦公廳3間。2月，楊校長辭職，省府派教育廳視察李星輝先生接長本校，校務頗有改進。8月成立東港分部，校本部增建教室2間、漁具工廠一幢及倉庫、廁所各一間，造船實習工廠擴建馬達間一間，四線道一條，整修校門、校園。同年9月台南分部新校舍全部竣工，計辦公廳1間、教室6間、宿舍10幢。51年9月東港分部新校舍竣工，計辦公廳1間、教室6間、宿舍10幢，校本部增建教室2間，台南分部增建教室3間，9月校本部增建製造加工廠1間、生物標本試驗室1間，10月台南分部增建單身宿舍8間，52年7月東港分部增建教室3間，實習工廠1棟，9月校本部增建美援實習工廠1棟，氣象實習樓房1座及20噸水塔1座。環境煥然一新，校務蒸蒸日上前途實無限光明也。